橋を架ける −ボストン・チャールズリバー編−

敗血症研究・臨床研究と基礎研究の間で 〰 Knowing is not enough, we must apply. Willing is not enough, we must do 〰

バイオマーカーと敗血症 (1)

Developing Biomarker Medicine (BM) in Sepsis

バイオマーカー(以下BM)の定義や分類はについてへFDAから出されたBest Resourceがわかりやすく書かれています。

 

FDA-NIH Biomarker Working Group. BEST (Biomarkers, EndpointS, and other Tools) Resource. Disease Markers. 2016;14(4):187-334. doi:10.1155/1998/698239.

 

BMの重要な役割の一つに”診断”があります。バイオマーカーの診断能を評価するときにはROC analysisを用いてAUCで評価することが多いです。例えば単一のBMのカットオフ値を定めて、BM陽性/陰性と疾患有り/無しの 2 by 2 tableを作り、感度・1−特異度を計算します。カットオフ値をいろいろな値にずらしていくことでそれぞれのカットオフ値で、感度・1−特異度を算出することで、ROC曲線(Receiver Operating Characteristic Curve)を書くことができ、Area Under the Receiver Operating Characteristic Curve を算出することができます。

実臨床では単一のBMで診断を下すことはほとんどなく、2つ3つのBMで診断を下すことがおいでしょう。

新しくできたBMの臨床的意義を評価するときも、それ単一で評価することに加えて、既存のBMにその新規BMを加えた時にどれだけ診断性能が上がるを評価をすることも重要です。その評価指標としてIDI(Integrated Discrimination Increment)やNRI(Net Reclassification Improvement)が代表的です。この考え方については下記文献でわかりやすく書かれています。

Holder D, Schipper M. STATISTICAL ISSUES IN BIOMARKER RESEARCH. Biomarkers. 2017;24(3):1-20. doi:10.1002/9780470918562.ch22.

Steyerberg EW, Vedder MM, Leening MJG, et al. Graphical assessment of incremental value of novel markers in prediction models: From statistical to decision analytical perspectives. Biom J. 2014;57(4):556-570. doi:10.1002/bimj.201300260.

 

さらに、例えば、BMを2つ、3つ、4つと増やしていったら

例えば敗血症の診断について、

1.WBC

2.WBC+CRP

3.WBC+CRP+PCT

4.WBC+CRP+PCT+Presepsin

とBMの数を増やしていったときにはそれぞれのモデルも診断性能をどう評価したら良いでしょうか?

いづれはその点について触れたいとも思います。

コンピューターサイエンスが急速に発達しているこの時代に、マシーンラーニングのメソッドも取り入れながら、実臨床で臨床医にとって役に立つBMの使い方を、データサイエンス、生物統計学、疫学、実臨床での有用性にもとづいて、考えていきたいと思います。

 

Machine Learning

グーグルよりマシーンラーニングとはなにか、よく勉強になるスライドです。

 

マシーンラーニングの手法を使って、臨床で使用できる予測モデルを作ることができます。

スライドの作り方もとても参考になる。こんなスライドを作れたらいいな。

docs.google.com

LM→GLM→GLMM

統計の勉強

ハワイで頑張っている友人に教えてもらって買いました

とてもわかり易いし、読者がつまづかないような心配りがたくさんあるように感じる

 

データ解析のための統計モデリング入門――一般化線形モデル・階層ベイズモデル・MCMC (確率と情報の科学)

データ解析のための統計モデリング入門――一般化線形モデル・階層ベイズモデル・MCMC (確率と情報の科学)

 

 

勉強になります

再開

大学時代の友人から発破をかけてもらった。

見ている人がいることがわかって、再開しようと決めました。

あまり気張らず短い文章で、少しづつやっていこうと思います。

 

今日は、MITで取った授業の教官メールしてくれた論文を読んでます。二つ。

一つは

www.ncbi.nlm.nih.gov

もう一つは

www.ncbi.nlm.nih.gov

敗血症における、臓器不全は metabolic-bioenergetic shutdownによるもの。
bioenergetic shutdown は an adaptive response to critical ilness。

 

 

根室にて 〜北海道出張編〜

ボストンまで残り25日となった。

 

ボストンはランニングが文化として根付いた街で、いたるところでランナーが走っている。

 

先日、B.A.Aのハーフマラソンに申し込みが完了し、10月8日に初めてハーフマラソンを走ることになる。さっそうとチャールズ川沿いを走っているランナーの中のひとりになってトレーニングを積み、そしてハーフマラソンを完走してみたいと興味が湧いた。トレーニングの予定を立てて少しずつ走れる体にしていきたい。あと2ヶ月弱あるので、ちゃんとトレーニングすれば目標タイムでゴールできると信じて。。

 

北海道の根室に非常勤医師として月に2回、来ている。2泊3日。内科外来と救急当直。自分を受け入れてもらえて本当に感謝。患者さんも病院の職員の方々も暖かい。ボストンでの生活費に当てさせていただく。

 

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多くの人に支えられて、自分の夢に向かって努力できていること。家族の支え。

辛い時もあるが、一人ではないとことを思い出し、自分が崩れないように。

 

今日はHSPHでの秋学期の授業選択に関して、Academic Adviserの先生とインターネットでミーティングをしていただいた。日本は朝の4時半、アメリカは夕方3時半。積極的にお願いしたり、行動すると、手を貸してくれる人がいる。アメリカはそういう点がとても好きで、自分らしく積極的に振る舞うことができる。

 

大学の講義では自分のフィールドである”Precision Medicine for Sepsis”、”Biomarker Medicine for Sepsis”に対する理解を深めらるような授業を選択することで話し合った。

 

Heather先生、貴重な時間を、ありがとうございます。

 

頑張ります。

 

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ボストンに向けて 残り35日

小旅行を終えて本拠地に戻った。綿密に準備したとは言い難いけれど、行く先々で美味しいものを食べ、鳴門の渦潮を見、有馬温泉に癒され、神戸の夜景と豪華なホテル。

とてもよい気分転換になった。

 

ここから徐々に切り替えて、ボストンでの生活を支障なくスタートできるようにしていかなくてはいけない。

 

今いる場所から引っ越す準備も少しづつはじめ、英語も再開する。英語はこの1ヶ月半でかなりできなくなっている。リスニング力とスピーキング力を少しで回復させて、HSPHの授業に臨みたい。下手な英語でいいので、自分の意見でしかるべきタイミングで応えられるよう訓練が必要だ。リスニングは昨年の授業ビデオを見て、フレーズは今までやったものを整理していこう。

 

毎日少しずつ、コツコツやること以外、日本で英語力を上げる方法はない。そもそも生活に必要ないんだから意識して学習しなければ、向上どころか衰える一方。

体力と同じように。脳みそに”英語を使う”ことを再認識させないと。

 

 

 

 

English Phrases for today 06/09

More or less

I had a lot going on

That woud be nice

Don't bother, this is nothing

Please come over anytime